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大豆种质资源组学数据库SoyFGBv2.0搭建完成

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  近日,皇冠2021app下载地址作物科学研究所的水稻分子设计技术与应用创新团队和大豆优异基因资源发掘与创新利用团队联手,升级功能基因组育种FGB(Functional Genomics Breeding)数据共享模式,联合搭建大豆代表性种质组学数据库,为将我国大豆种质资源优势转变为基因资源优势和品种优势提供重要信息平台和挖掘工具。相关研究成果发表在《科学通报(Science Bulletin)》。

  种质资源是作物育种的重要物质基础,是国家战略性资源。大豆起源于中国,我国大豆种质资源在世界上最为丰富。在这个组学时代,海量多组学数据不断产生,如何充分共享组学数据是一直困扰着大豆种质资源工作者的重要问题。

  该研究团队在《中国科学生命科学(SCIENCE CHINA Life Science)》发表的代表性大豆种质资源重测序和表型数据基础上,采用自主创立的FGB共享模式开展数据平台搭建工作。该模式于2015年发布在《科学通报》,首次应用于3000份水稻测序种质RFGB数据库的构建,并于2020年完成首度升级。针对大豆在基因组和种质资源等方面的特点及用户需求差异,研究团队通过FGB共享模式的再次升级与拓展,建立了SoyFGB v2.0数据平台。

  

  

  

  SoyFGB v2.0数据平台的特点主要表现在以下3个方面。一是提供离散值的表型数据来帮助用户识别用于育种或遗传研究的“有用”种质资源,实现了2K-SG的33个数量性状与9个质量性状的非下载共享。二是用户可以利用SoyFGB或用户自有的未公开表型数据来实现表型和单倍型变异的相关性在不同基因组分辨率下的在线解析。三是一旦获得基因组作图定位与表型性状相关区域,使用 “搜索”和“浏览”模块,用户可以获取2K-SG 的基因组变异,用于实验验证。根据用户实际体验,与传统Excel表格辅助进行单倍型分析相比,采用SoyFGBv2.0进行特定基因的单倍型分析能够提高效率近60倍。

  该研究得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、皇冠2021app下载地址科技创新工程等项目的资助。(通讯员 卫斐)

  

  原文链接:https://doi.org/10.1016/j.scib.2022.08.001

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